В среднем больше темных по окраске волосяного покрова среди соболей забайкальской, амурской и якутской географических рас (56,%, 56,3%, 57,2% -соответственно) и очень мало в тобольской и сахалинской расах (1,0 и 3,7%).

Для дикого соболя характерна более светлая по сравнению с туловищем окраска головы и наличие горлового пятна. Окраска горлового пятна может быть белой, кремовой, желтой или оранжевой. Горловое пятно не имеет четко очерченных границ и размер его варьирует от небольшой подпалины до пятна площадью более 10 см2.

Разведение соболя в клеточных условиях начато в России в 1928 году.

Поскольку шкурки темных соболей ценятся значительно выше, чем светлых, с самого начала клеточного разведения селекция была направлена на выведение соболей с темной почти черной окраской волосяного покрова, без горлового пятна. С этой целью использовалось воспроизводительное скрещивание отловленных на воле диких амурских, уральских, енисейских, алтайских и баргузинских соболей между собой. Для дальнейшего разведения отбирали молодняк желательного типа окраски.

В результате целенаправленной длительной селекции на затемнение волосяного покрова в 60-х годах прошлого столетия была создана популяция черных соболей, значительно отличающаяся от дикого соболя окраской и другими хозяйственно-полезными признаками.

Общая окраска этих соболей темная, почти черная, хотя изменчивость по окраске остевых и пуховых волос довольно большая. Окраска остевых волос варьирует от коричневой до черной. Окраска пуховых волос может быть серо-голубая различной интенсивности, равномерно окрашенная по всей длине или зональная— с серым основанием и коричневыми вершинами. Тело окрашено равномерно, окраска мордочки несколько светлее туловища, горловое пятно небольшое или отсутствует. Глаза и носовое зеркало черные.

В дальнейшем селекция клеточных соболей на улучшение окраски волосяного покрова стала проводиться в двух направлениях.

Продолжалась работа по затемнению окраски волосяного покрова и получению чисто черного соболя с черной окраской головы. И к настоящему времени уже имеется значительное поголовье черноголовых соболей. Однако увеличение популяции черноголового соболя сдерживается их более низкой воспроизводительной способностью.

Начиная с 1965 года, вторым направлением селекции стало получение соболей не черной, а темно-коричневой окраски волосяного покрова. И к концу 20-го столетия соболи такой окраски волосяного покрова были получены. Соболи данного типа отличаются темно-коричневой окраской волосяного покрова. Цвет ости темно-коричневый или коричневый, пух серо-голубой, равномерно окрашенный по всей длине. Окраска мордочки и ушей значительно светлее окраски туловища.

В отличие от других видов пушных зверей у соболя за весь период клеточного разведения не отмечалось появление мутантных типов окраски за исключением пятнистой.

Характер наследования белой пятнистости у соболей изучен недостаточно. Однако на основе опыта получения пятнистых соболей на фермах можно предположить, что у соболей имеется две мутации, вызывающие развитие белой пятнистости. Одна из них обусловлена доминантным геном и белая пятнистость проявляется как в гетеро-, так и в гомозиготном состоянии. Другая мутация, по-видимому, обусловлена полудоминантным геном с рецессивным летальным эффектом. В гетерозиготном состоянии он вызывает развитие белой пятнистости, а в гомозиготном -- белой окраски волосяного покрова. Гомозиготные особи гибнут на эмбриональной или ранней постнатальной стадии развития. Отмечался лишь единичный случай рождения белого соболя, который дожил до 45- дневного возраста.

Белая пятнистость проявляется чаще всего в виде пятен на морде, на лапах и кончике хвоста, иногда на животе. Размер и цвет пятен сильно варьирует. Окраска пятен может быть не только белой, но и желтой различной интенсивности.

У пятнистых соболей глаза часто бывают синими или голубыми, а носовое зеркало частично или полностью депигментировано.

Если рассматривать повышенную мутабельность генов окраски волосяного покрова клеточных пушных зверей, как результат влияния жесткого отбора, то становится понятно почему до сих пор в клеточных условиях не получен цветной соболь. За весь период клеточного разведения у соболя сменилось всего 25 генераций, в то время как у норки около 75. Плодовитость соболя значительно ниже, чем у норки, а срок племенного использования в 6...7 раз больше. Таким образом, интенсивность отбора при разведении соболей в несколько раз ниже, чем у норок.

Численность популяции клеточного соболя увеличивалась значительно более медленными темпами по сравнению с другими видами пушных зверей, особенно с норкой. А за последние 20 лет поголовье клеточного соболя практически не увеличилось. Это также не способствует высокой интенсивности отбора соболей по хозяйственно-полезным признакам.

Кроме того, длительное время приоритетным направлением в селекции соболей было затемнение общей окраски волосяного покрова, и особи нетипичной окраски выбраковывались.

В природе изредка встречаются соболи необычной окраски -- кремовой, оранжевой, золотистой, серо-голубой, пегой, белой и другой. Частота их встречаемости очень мала - - всего один цветной соболь на 25...30 тысяч соболей обычной окраски волосяного покрова.

Несмотря на то, что частота встречаемости цветных соболей небольшая, возможно количество гетерозигот по генам мутантных окрасок достаточно велико, особенно в замкнутых популяциях, например на Камчатке, где цветные соболи встречаются чаще, чем в других регионах.